Introducción: La integración básico-clínica en la enseñanza-aprendizaje de la Morfofisiología en la carrera de Medicina debe corresponderse con las tendencias contemporáneas de la educación médica y las transformaciones del Sistema Nacional de Salud cubano. Objetivo: Elaborar los tipos de problemas para la integración básico-clínica durante el aprendizaje de la Morfofisiología en la carrera de Medicina. Métodos: Se aplicaron métodos empíricos y teóricos que permitieron la caracterización del proceso y la elaboración de la propuesta. Resultados: Se identificaron problemas en la concepción,  formas, organización e implementación del proceso de integración. Se elaboró una tipología de problemas. Conclusiones: El análisis de las indagaciones empíricas aplicadas permitió la caracterización de la integración básico-clínica en la disciplina Morfofisiología, identificándose los principales problemas y potencialidades que se manifiestan en este proceso. El proceso de abstracción desarrollado por el autor posibilitó la elaboración de los tipos de problemas que favorece la integración básico-clínica fundamentada en el método clínico, los modos de actuación del médico y el desempeño cognitivo del estudiante.